Los arrecifes son muy frágiles y estan bajo seria amenaza. El sedimento a causa de la desforestación llega al mar y cuando llega al arrecife este segrega una mucosa que para removerla .Necesita mucha energía que lo debilita quedando expuesto a infecciones. También afectan las descargas de aguas negras de viviendas. El alto contenido de nutrientes crea un explosivo crecimiento de algas. Estos ahogan los pólipos. Inclusive el calentamiento del mar provocado por el Nino, afecta los arrecifes. Tambien afecta al bosque marino el uso de veneno y dinamita para la pesca.
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